UnityでMMDモデルを表示させるのによく使われるのがMMD4Mecanimですが、現在スタンドアローン（デスクトップ）以外での動作については非サポートとなっているため使用できません。
そこでChromiumARブラウザでMMDモデルを表示する方法があります。
ようこそジャパリARへ！ - Qiita
http://qiita.com/jyuko/items/60555fd1c84ae46498f8
MMDLoader.jsを使ってそのままモデルを読み込めるようなので簡単そうですが、ChromiumARの動作に難があるようです。
そこでUnityアプリでMMDモデルを表示する方法はないかと探したところ、見つけましたので手順を説明します。
目次はこちら
0. 前提
1. MMMでモーションをモデル似合わせて保存する
2. Blenderでモデルとモーションを合わせてfbx出力する
3. Unityでサンプルを利用してモデルを表示する
4. Build&Run
MMMのバージョンは1.2.7.3、blenderのバージョンは2.74、Unityのバージョンは5.6.0f3で行いました。
参考にしたサイト：
真面目系クズの休憩所: MMD+Unity+cardboardでダンスを眺める
http://sparks-row.blogspot.jp/2015/12/mmdunitycardboard_27.html
本記事で使用するモデル・モーション：
結月ゆかりMMDモデル無料配布中！ / VOCALOMAKETS http://www.vocalomakets.com/mmd.html
【配布】MMDジャンプモーション集 - ニコニコ動画 http://www.nicovideo.jp/watch/sm26118544
※注意
MMDモデル・モーションを使用・公開する際は利用規約に従いましょう。
